「生態適応GCOE」には「生態系適応科学」という学問を体系化するとともに、それにかかわる人材育成、またその成果を社会へ還流する3つのミッションがあります。

一つ目のミッションは研究面において、環境変化に対する生物・生態系の適応力に関する機構論の解明と理論の体系化を行い、「生態系適応科学」という新しい分野を確立すること。さらに、生態系の適応力を利用した環境保全技術と、経済や社会的合意を考慮した保全対策に関する研究を行います。

二つ目は教育面において、 (1)生物・生態系の適応科学を国際的にリードして国際プロジェクトを推進する先端的研究者の育成、 (2)国際機関、企業、自治体、NGOなどで、高い専門性をもち社会で活躍できる生態環境人材(Professional Ecosystem Manager, PEM)の育成をします。

そして三番目は、生態環境問題に関わる様々な主体、すなわち国際機関、企業、自治体、NGOなどと連携して活動を行う「環境機関コンソーシアム」を設立し、生態系管理や環境保全対策に関する研究成果の共有と実践ならびにその対策の有効性を社会一般に普及し、定着させることを目指します。