第16回生態適応セミナー

 

 

Frederic Austerlitz博士

CNRS Researcher, Universite Paris-Sud

 
     
 
Inferences of demographic processes from genetic diversity using coalescent methods in humans (コアレセント理論を用いて,現在の遺伝的多様性から ヒト集団の過去のデモグラフィーを推定する)
 
     
 

日時 5月18日 17:00-

 
  場所 理学部・生物地学共通講義室  

Demographic processes (e.g. dispersal, population expansion…) are well known to affect genetic diversity. As a consequence, several methods relying on the maximum likelihood or Bayesian paradigm have been developed to infer these demographic processes from genetic data. These methods usually rely on the coalescent theory, which studies the probability distributions of gene genealogies, these probability distributions being affected by the demographic processes. We present here three cases in human populations genetics in which we applied these methods. The first case is a set of Bulgarian Gypsies populations, in which we could date the time of separation of these populations, and infer their history of expansion and migration. The second cases consist of a set of Western Central African Pygmy populations. We could also infer the separation time of these populations, along with their level of admixture with surrounding non-pygmy population. Finally, using a set of worldwide populations, we show how we could infer from genetic data a specific demographic behaviour, namely the transmission of fertility from parents to offspring across generations.

移動分散や集団の拡大といったプロセスは,集団の遺伝的多様性に影響を与え ることがよく知られている.そのため,現在の遺伝的多様性から過去の集団のデ モグラフィーを推定するための様々な手法が開発されてきた.一般的にこれらの 手法は,集団の遺伝的多様性から遺伝子系譜の確率分布を推定する理論である, コアレセント(同祖)理論に基づいている.ここで推定の対象となる遺伝子系譜 の確率分布は集団のデモグラフィーを反映しているため,現在の遺伝的多様性か ら過去のデモグラフィーが推定できるのである.本発表では,演者らがヒトの集 団を対象にこれまでに行った3つの研究を紹介する.最初の例では,ブルガリア のジプシーを対象に過去に起こった集団の分化と拡大・移動を推定した[1].次 の例では,中央アフリカのピグミー族を対象に同様の推定を行い,さらに周辺の 非ピグミー属集団との交雑の程度を推定した[2].最後の例では,さまざまな集 団の現在の遺伝的多様性から,世代間で出生数が伝播する現象をいかに推定した かという研究[3]を紹介する.

参考文献: [1] Chaix R, Austerlitz F, Morar B, Kalaydjieva L, Heyer E (2004) Vlax Roma history: what do coalescent-based methods tell us? European Journal of Human Genetics 12: 285-292. [2] Verdu P. Austerlitz F, Estoup A, et al. (2009) Origins and genetic diversity of Pygmy hunter-gatherers from western central Africa. Current Biology 19: 312-318. [3] Blum MGB, Heyer E, Francois O, Austerlitz F. (2006) Matrilineal fertility inheritance detected in hunter-gatherer populations using the imbalance of gene genealogies. PLoS Genetics 2.